Il borgo di Migiana, il cui nome sembra indicare la posizione "mediana" rispetto al monte, si costituì intorno al XII secolo lungo la strada che portava a Castel San Giuliano e Pieve San Quirico. Al 1296 risale la fonte fatta costruire dai magistrati perugini. La Chiesa di San Pietro, della prima metà del XII secolo, è citata in un documento del 1163 nel quale Federico Barbarossa ne conferma il possesso al monastero perugino di San Pietro. 
L’attuale centro abitato si è sviluppato attorno alla chiesa, che dava il nome ad uno dei due insediamenti in cui si distingueva Migiana nel Trecento, ovvero Migiana Superioris Montis Tezzi e Migiana S. Petri Montis Tezzi.
Nei primi anni del 2000 la chiesa è divenuta una casa d'accoglienza, attualmente (2016) è chiusa.